Tra gli oggetti della collezione del Museo, alcuni rivestono particolare significato nella storia della città. Il Forziere ligneo con gli emblemi della Repubblica e del popolo fiorentino, di Prato e dei suoi quartieri; il bellissimo Scudo di Zanobi Poggini con i sette stemmi delle maggiori istituzioni assistenziali cittadine, intorno a quelli di Cosimo I de’ Medici e della moglie Eleonora di Toledo; la Mazza del Gonfaloniere, impugnata dal Mazziere della Comunità pratese durante le cerimonie pubbliche, ornata dagli stemmi del Comune di Prato e della casata dei Medici. Sono esposti anche la Toga del Gonfaloniere e i Lucchi dei Priori, a testimonianza del valore simbolico attribuito a questi abiti da indossare in cerimonie ufficiali.

Il privilegio di diventare Città, concesso a Prato nel 1653 dal granduca Ferdinando II de’ Medici, è ricordato dalla Visione di san Filippo Neri dipinta da Orazio Fidani, in cui la spettacolare processione documenta l’arrivo in città del primo vescovo. A confronto la Veduta di piazza Duomo, sempre del XVII secolo, riferibile ad un autore vicino allo Stradano.